雖然台灣主權未定論是一套說法, 但其中仍有不少人有不同見解, 例如 蔡丁貴 教授, 台灣民政府(偏差較大)等不同派.
而且無論是否有台灣主權未定論, 還要考慮獨立是由台灣澎湖獨立(台獨)還是中華民國終於接受中華人民共和國獨立(華獨)? 還是中華民國跟中華人民共和國是同一國的兩個政府?
還有很多不同的觀點, 當成幾個不同物件來思考, 才會發現中華民國政府在各種資料上的迷糊戰.